CTR significa la proporción de clics (en inglés Click Through Ratio).
Indica el porcentaje de clics que recibe tu enlace o anuncio. Se usa en Google Adsense y Google Adwords para medir los clics que reciben los anuncios. También lo emplea Webmaster Tools para indicarte los clics que recibe tu página en las SERP.
Enlace relacionado: Cómo medir la Respuesta de Usuario.